Điệp vụ Boston được hãng Warner Brothers phát hành dưới dạng DVD ngày 13 tháng 2 năm 2007 gồm các phiên bản một đĩa màn ảnh thường (1:33:1), một đĩa màn ảnh rộng (2:40:1) và hai đĩa (phiên bản đặc biệt). Bên cạnh định dạng DVD, Điệp vụ Boston cũng được phát hành song song dưới hai định dạng HD DVD và Blu-ray. Phiên bản hai đĩa của Điệp vụ Boston còn bao gồm 24 phút phim tài liệu về các vụ án được Martin Scorsese sử dụng làm chất liệu cho phim, một phim tài liệu nói về quá trình thực hiện Điệp vụ Boston cùng các đoạn phim bị cắt không nằm trong bản phát hành chính thức ngoài rạp. Trong phim tài liệu, Martin Scorsese còn nói về những trải nghiệm tuổi thơ của ông ở khu Little Italy của Thành phố New York cùng những nhận xét của riêng ông về những tác phẩm nổi tiếng ông đã thực hiện như Taxi Driver (1976), Raging Bull (1980) và GoodFellas (1990).[38]

Tháng 2 năm 2007, trong buổi phỏng vấn với Empire Magazine, Mark Wahlberg tiết lộ rằng có thể phần 2 của Điệp vụ Boston sẽ được thực hiện với nhân vật trung tâm là vai Dignam do anh thể hiện trong phim. Wahlberg cho biết trong phần 2 rất có thể sẽ xuất hiện hai diễn viên gạo cội từng nổi danh trong phim của Scorsese là Robert De Niro và Harvey Keitel. Theo diễn viên này thì William Monahan đã bắt đầu viết kịch bản và phim có thể sẽ quay từ "cuối năm này hoặc đầu năm sau."[39] Tuy nhiên sau khi nhà sản xuất Brad Grey chuyển sang hãng Paramount Pictures thì kế hoạch Điệp vụ Boston 2 phải tạm hoãn vô thời hạn vì đây là dự án của hãng Warner Bros..[40]